1945 m. rugpjūčio 1 d. įsteigta Šilutės apskrities valstybinė viešoji biblioteka, nuo 1950 m. – rajoninė, nuo 1976 m. – rajono centrinė biblioteka, 1995 m., minint įkūrimo 50-metį, pavadinta pirmosios kilnojamosios bibliotekos Mažojoje Lietuvoje įkūrėjo, poeto Fridricho Bajoraičio vardu. Tų pačių metų spalio mėn. biblioteka reorganizuota į viešąją.
Biblioteka kūrėsi dabartinės Žalgirio gatvės nr. 1 pažymėto pastato patalpose. Pirminį knygų fondą sudarė 269 knygos, gautos iš Šilutės apskrities Kultūros–švietimo darbo skyriaus. Metų pabaigoje biblioteka naudojosi 20 skaitytojų. 1947 m., įkūrus Respublikinį bibliotekų kolektorių, knygų fondas pradėtas komplektuoti diferencijuotai. Pirmoji knygų siunta biblioteką pasiekė 1947 m. lapkričio 24 d. Tais pačiais metais biblioteka perketa į kitas patalpas Partizanų gatvėje nr. 61 (dabar – Lietuvininkų g.).
1950 m. organizuojami pirmieji kultūriniai renginiai: knygų aptarimai, skaitytojų konferencijos, literatūriniai teismai. Skaitytojų jau užregistruota per 500. 1952 m. pradėtas organizuoti nestacionarinis gyventojų aptarnavimas: įsteigiamos pirmosios kilnojamosios bibliotekėlės Šilutės miesto įmonėse ir įstaigose.
1956 m. bibliotekoje pirmą kartą surengta liaudies meistrų darbų paroda.
1960 m. rajoninė biblioteka perkelta į erdvesnes patalpas toje pačioje Partizanų gatvėje nr. 74.
1965 m. veikė 1 rajoninė, 4 miesto (Rusnės, Pagėgių, Panemunės, Žemaičių Naumiesčio) ir 45 kaimo bibliotekos.
1974 m. rajoninės bibliotekos patalpos Partizanų g. 74 rekonstruotos ir išplėstos: organizuoti atviri knygų fondai, interjeras papuoštas dailininkės Militos Kumpytės keramikos darbais.
1976 m. rajono valstybinių masinių bibliotekų tinklas reorganizuotas į centralizuotą bibliotekų sistemą. Rajoninė biblioteka tapo centrine su 46 kaimo, 2 miesto (Pagėgių, Žemaičių Naumiesčio) ir 2 (Rusnės, Panemunės) gyvenviečių tipo filialais.
Suaktyvėjo bibliotekos kultūrinė veikla: pradėtos rengti profesionalios meno parodos, literatūriniai susitikimai. 1977 m. rugsėjo 15–16 d. rajone organizuota pirmoji tarptautinė bibliotekininkų konferencija-knygos šventė „Puslapiai iš draugystės metraščio“, kurioje dalyvavo atstovai iš visų 14 buvusios Sovietų Sąjungos respublikų. 1972 m. užsimezgę ryšiai su buvusių TSRS respublikų bibliotekomis įtakojo kasmetines knygos šventes Pamaryje iki 1988 m.
1987 m. uždaromos 2, 1989 m. – 3 kaimo bibliotekos.
1990 m., minint centrinės bibliotekos 45-metį, atidarytas Knygos muziejus Mažosios Lietuvos kultūros istorijos vertybių saugai ir sklaidai.
1996 m. bibliotekoje įsteigta leidykla „Prūsija“, kuri veikė iki 2005 m.
1997 m. prasidėjo pirmasis bibliotekos kompiuterizavimo etapas.
Tautinio atgimimo laikotarpiu bibliotekos veiklos programoje atsirado naujos, Lietuvos tautiškumą menančios istorinės datos, grįžta į Mažosios Lietuvos ir jos veikėjų autografines paieškas. Biblioteka kūrė kultūrinę, informacinę, socialinę, edukacinę, bendravimo aplinką, tapo žinoma (ne)tradiciniais knygos ir kultūros renginiais: 1991 m. surengtas tarptautinis ekslibrisų konkursas „Šilutei-480“ (33 dailininkai, 100 knygos ženklų), 1993 m. – tarptautinis ekslibrisų konkursas „Vydūnui-125“ (106 kūrėjai, 212 knygos ženklų), 1996 m. – tarptautinis meninių atvirukų konkursas „Šilutė“ (71 dailininkas, 266 darbai).
Mažosios Lietuvos istorija ir kultūra įamžinta ir 2014 m. organizuoto tarptautinio ekslibrisų konkurso „Kuršių marių vėtrungės – praėjusio amžiaus „feisbukas“ darbuose (47 menininkai, 117 kūrinių).
1994–1996 m. kasmet vyko rajono literatų šventės „Poezijos ruduo. Šilutė“, kurių metu buvo renkami laureatai.
1999 m. viešojoje bibliotekoje pradėta diegti LIBIS PĮ (Lietuvos integralios bibliotekų informacijos sistemos programinė įranga): katalogavimo ir komplektavimo posistemiai, nuo 2001 m. bibliotekos elektroniniame kataloge buvo kuriama analizinės bibliografijos duomenų bazė, nuo 2003 m. biblioteka dalyvavo kuriant Nacionalinės bibliografijos duomenų banko Analizinės bibliografijos posistemį. Tais pačiais metais įdiegtas skaitytojų aptarnavimo posistemis, 2000 m. sausio 2 d. viešoji biblioteka pradėjo aptarnauti vartotojus, išduodama mokamus skaitytojų bilietus, 2004 m. sausio 2 d. įvestas LIBIS vieningo skaitytojo pažymėjimas.
2000 m. naujai įkurtai Pagėgių savivaldybei perduota 10 viešosios bibliotekos filialų: Pagėgių, Panemunės, Lumpėnų, Stoniškių, Šilgalių, Piktupėnų, Natkiškių, Vėlaičių, Vilkyškių, Žukų.
2001 m. gegužę Atviros Lietuvos fondo lėšomis viešojoje bibliotekoje įkurta interneto skaitykla, praėjus metams Šilutės bendruomenei pristatyta bibliotekos internetinė svetainė.
2005 m. pagal PHARE projektą „Viešosios interneto prieigos taškų steigimas kaimiškose vietovėse“ viešosios interneto prieigos taškai atidaryti 8 VB filialuose: Bikavėnų, Gardamo, Inkaklių, Katyčių, Švėkšnos, Usėnų, Vainuto, Vilkyčių.
2006 m. įnešė džiugių permainų į bibliotekos istoriją – gegužės 26 d. įvyko viešosios bibliotekos įkurtuvių naujai rekonstruotame pastate (Tilžės gatvė nr. 10) iškilmės. Knygų namai įsikūrė vienoje iš dabartinio Šilutės miesto dalių – XVI–XX a. pirmame dešimtmetyje buvusioje Žibų gyvenvietėje. Įrengtos specializuotos viešosios erdvės Lietuvos ir užsienio bendruomenių kultūros ir meno kūrėjų pris(is)tatymams, savanoriams ir savanorystės veikla užsiimantiems, ją palaikantiems asmenims laisvai reikštis ir veikti, neformalioms grupėms ir asociacijoms rinktis, bendrauti, kurti.
2008 m. F. Bajoraičio viešoji biblioteka ir visi 23 jos filialai dalyvavo Lietuvos Respublikos kultūros ministerijos, Lietuvos nacionalinės Martyno Mažvydo bibliotekos ir Bilo ir Melindos Geitsų fondo projekte „Bibliotekos pažangai“. Kompiuterizuoti visi viešosios bibliotekos filialai, atidaryti viešieji interneto prieigos taškai, kurie aprūpinti baldais lankytojams ir darbuotojams.
2012 m. įsteigta ir pirmą kartą literatūrinio rudens šventės-konkurso „Prisijaukinkim žodį, paukštį, debesį… “ metu įteikta Fridricho Bajoraičio literatūrinė premija už brandžios grožinės literatūros knygą. Antroji premija įteikta 2015 m.
2013 m. uždarytas viešosios bibliotekos Pagrynių filialas.
2015 m. visuose viešosios bibliotekos filialuose įdiegta LIBIS PĮ.
Svarus viešosios bibliotekos įnašas leidybinėje veikloje. Biblioteka 1996–2015 m. parengė, išleido ar dalyvavo leidžiant per 20 didesnės apimties knygų, tarp kurių leidiniai, reprezentuojantys Pamarį ir Mažąją Lietuvą.
Plati šilutiškių bibliotekininkų partnerystės ir bičiulystės geografija leidžia nuosekliai vykdyti tarpvalstybinį kultūros dialogą knyginės kultūros, edukacijos, informacijos, gerosios praktikos sferose. Biblioteka bendradarbiauja ir palaiko tarpkultūrinius ryšius su Bauskės centrine biblioteka Latvijoje, Gori, Khashuri ir Surami bibliotekomis Gruzijoje, Ararato sritine biblioteka Armėnijoje, Akajinsko rajono Smirnovo centrine biblioteka Kazachijoje, Kaliningrado srities A. P. Gaidaro vaikų bei Sovetsko I. J. Rutmano bibliotekomis, Černiachovsko municipaline įstaiga „Centralizuota bibliotekų sistema“ Rusijoje, Palenkės Lukašo Gurnickio biblioteka Balstogėje ir Punsko valsčiaus lietuvių kultūros namais Lenkijoje, Brašovo Džordžo Baritiu municipaliteto biblioteka Rumunijoje, Zadaro miesto biblioteka Kroatijoje.
Šilutės rajono savivaldybės Fridricho Bajoraičio viešoji biblioteka yra atvira, dinamiška, kasdien besikeičianti ir kiekvieną viliojanti užeiti. Jos sėkmė – novatoriškumas, drąsios idėjos, kūrybingus sprendimus palaikanti žinių siekianti, draugiška lankytojų auditorija. 2016 m. pabaigoje Pamario bibliotekose skaitė 10 319 skaitytojai, apsilankė 235 027 lankytojai, spaudinių fondus sudaro 241 968 fiz. vnt. dokumentų.
2017 m. vasario 1 d. uždarius VB Miesto filialą, Šilutės F. Bajoraičio viešosios bibliotekos tinklą jungia 21-a rajono miestelio ir kaimo biblioteka.